在跨学科合作研究中，选择适合的论文查重软件是非常重要的。首先，要考虑软件的准确性和可靠性，只有准确率高、数据来源可靠的软件才能保证研究的严谨性。其次，要考虑软件的使用便捷性和操作性，只有易于使用的软件才能提高研究效率。最后，要考虑软件的价格和服务，选择性价比高、售后服务好的软件才能更好地满足研究需求。

值得注意的是，不同领域的跨学科合作研究需要选择不同类型的论文查重软件。例如，对于涉及文献综述的研究，需要选择能够检测文献引用和参考文献的软件；对于涉及图片和表格的研究，需要选择能够检测图片和表格的软件。因此，在选择论文查重软件时，要根据具体研究需求进行选择。